Карельский филиал ФГБУ «Главрыбвод» осуществляет возложенные на него задачи непосредственно и через иные обособленные (структурные) подразделения ФГБУ «Главрыбвод»:

Медвежьегорский межрайонный отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов ФГБУ «Главрыбвод»

Лоухский межрайонный отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов ФГБУ «Главрыбвод»

Выгский рыбоводный завод ФГБУ «Главрыбвод»

Кемский рыбоводный завод ФГБУ «Главрыбвод»