Карельский филиал ФГБУ «Главрыбвод» осуществляет возложенные на него задачи непосредственно и через иные обособленные (структурные) подразделения ФГБУ «Главрыбвод»:
Медвежьегорский межрайонный отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов ФГБУ «Главрыбвод»
Лоухский межрайонный отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов ФГБУ «Главрыбвод»
Выгский рыбоводный завод ФГБУ «Главрыбвод»
Кемский рыбоводный завод ФГБУ «Главрыбвод»